苹果短信消失的原因可能有以下几种。
1、iMessage同步问题：如果在多个设备上使用了同一个Apple ID并启用了iMessage同步，可能会在两个设备上看到相同的短信，但如果短信在其中一个设备上删除，那么在其他设备上也可能会消失，这是因为短信是同步的，删除操作会同步到所有设备。
2、短信被删除：人为手动删除了短信。
3、系统错误或bug：可能是由于iOS系统的错误或bug导致短信消失，可以尝试重启设备或更新系统到最新版，看是否能解决问题。
4、账户问题：如果登录了错误的账户或者没有登录账户，可能无法查看某些短信。
5、数据库损坏：手机数据库损坏也可能导致短信消失，可以尝试使用iTunes或iCloud备份恢复设备，但这需要之前有备份过数据。
6、第三方软件冲突：某些第三方软件可能会与iOS系统产生冲突，导致短信消失，建议检查并删除最近下载的可疑软件。
如果以上方法都不能解决问题，建议联系苹果官方客服寻求帮助，数据恢复可能需要一定的费用，并且无法保证一定能恢复成功，平时可以定期备份重要数据，以避免类似问题发生时造成不必要的损失。
