如果您的银行短信通知服务被取消，但银行仍在扣除相关费用，可以采取以下步骤处理。
1、确认通知服务是否确实已取消：确保您已经采取了必要的步骤取消了短信通知服务，可以通过登录银行网上银行、手机银行或者联系银行客服来确认。
2、联系银行客服：如果发现银行仍在扣费，可以立即联系银行的客服部门，提供您的账户信息，并说明情况，即您已经取消了短信通知服务但仍然被扣费。
3、申请退款或调整费用：与银行客服沟通时，可以请求银行退款已扣除的费用或者调整账单，银行会核实情况并进行相应的处理。
4、检查账户设置和订阅管理：确保在您的账户设置或订阅管理中没有与短信通知相关的自动续费或隐藏服务，如果有，您可以取消这些设置以避免未来再次被扣费。
5、提交投诉：如果银行未能妥善处理您的问题，您可以考虑向银行的上级机构或相关监管部门提交投诉，说明您的情况并要求解决。
在处理过程中，请确保提供准确的个人信息和账户详情，以便银行能够更快地解决问题，建议保留与银行的通信记录，以备将来需要参考。
每个银行的具体流程可能有所不同，可根据实际情况调整具体做法，如有需要，还可以咨询专业律师或消费者权益保护机构以获取更多帮助和指导。
