要将小米手机的短信应用恢复到出厂设置，你可以按照以下步骤操作。
1、进入手机的“设置”界面。
2、在设置菜单中找到“应用管理”或者“应用设置”。
3、在应用列表中找到“短信”应用。
4、点击“短信”，进入短信应用的详情页面。
5、在详情页面中，选择“清除数据”或者“清除缓存”，这将删除所有短信数据，包括隐藏的和已保存的短信。
6、如果需要彻底重置短信应用，可以选择“卸载更新”或找到短信应用的存储位置直接删除该应用，然后重新从应用商店下载并安装。
在执行这些操作之前，请确保备份所有重要的短信，因为这些操作将无法恢复已删除的数据，不同版本的小米MIUI系统可能略有差异，请根据具体的MIUI版本和系统设置进行操作。
如果以上方法不能解决你的问题，建议咨询小米官方客服或前往小米售后服务点寻求帮助。
