代理注册协议书是否合法有效，取决于该协议的具体内容、双方的意思表示以及是否符合相关法律法规的规定。以下是一些判断因素。
1、主体资格：确保协议的双方或多方具备签订协议的法律资格和权利能力，代理方和被代理方的身份、资格等应符合相关法律规定。
2、协议内容：协议的内容应明确、具体，包括代理事项、代理范围、双方的权利和义务、期限、违约责任等，内容必须真实、合法，并且公平合理。
3、合法性：协议必须符合中国的法律法规，不得违反任何法律强制性规定，如果有任何违反法律法规的条款，该协议可能是无效的。
4、签字和盖章：协议应得到双方的签字或盖章，以证明双方对协议内容的认可。
5、登记备案：如果代理注册协议书涉及到某些特定行业或领域，可能需要经过相关部门的登记备案，否则可能无效。
为了确保代理注册协议书的合法性及有效性，建议在签订前咨询专业律师的意见，以确保协议的法律效力及双方的权益得到保障，如果协议在签订后发生争议，也可以寻求法律途径解决。
