短信清空了仍然有标记的原因可能有以下几种情况。
1、短信标记可能存在于手机应用程序或系统中，即使手动删除了短信内容，标记可能仍然存在，这可能是因为标记与短信内容是分开的，因此在删除短信内容时，标记没有被同时删除。
2、有些手机支持对短信进行标记，例如标记为已读或重要等，即使短信被删除，这些标记可能会在手机系统中保留一段时间，以便用户可以随时查看或恢复。
3、在某些情况下，即使删除了短信，一些应用程序或服务可能会继续显示短信标记，因为它们可能缓存了短信数据，尝试清除应用程序缓存或数据，或者更新应用程序到最新版本，可能有助于解决这个问题。
如果以上情况都不适用，建议联系手机制造商或手机服务提供商的客户服务部门，以获取更具体的帮助和建议。
