如果您的iPhone系统更新后短信消失了，可能有以下几种原因和解决方法。
1、数据同步问题：在更新系统后，设备可能会进行数据的同步和备份恢复，如果在此过程中出现问题，可能会导致短信消失，您可以尝试使用iTunes或iCloud备份恢复手机数据，前提是您之前有进行过备份。
2、系统更新导致的问题：系统更新可能会引发一些未知的问题，包括短信消失，您可以尝试重启设备，或者更新到最新的系统版本（如果当前版本不是最新的）。
3、误操作删除：可能您在更新过程中或更新后不小心手动删除了短信，这种情况下，如果短信内容非常重要，您可以尝试联系苹果官方客服寻求帮助。
4、短信应用问题：可能是短信应用出现了错误，您可以尝试关闭短信应用然后重新打开，或者强制退出然后重新打开，以查看是否恢复了短信。
5、存储空间问题：如果您的设备存储空间不足，可能会导致短信消失，您可以检查设备的存储空间，并尝试删除一些不必要的数据以腾出空间。
如果以上方法都无法解决问题，建议您联系苹果官方客服或前往苹果专卖店寻求进一步的帮助，他们可能会要求您提供设备的详细信息以进行进一步的诊断和解决问题。
