未注册到医疗机构在医疗机构执业的处罚方式如下。
1、依据《执业医师法》规定，未经亲自诊查、调查，签署诊断、治疗、流行病学等证明文件或有关出生、死亡等证明文件的医师，情节严重的情况下会构成执业医师执业中的违法行为，对此，将由县级以上人民政府卫生行政部门给予警告或责令暂停执业活动，如果情节严重，还可能被吊销执业证书或构成犯罪并依法追究刑事责任，对于未注册到医疗机构就在医疗机构执业的行为，应依据具体情况给予相应的处罚，具体的处罚措施可能包括警告、罚款、暂停执业或吊销执业证书等。
2、如果情节严重，还可能被认定为非法行医罪，根据相关法律的规定，未取得医生执业资格的人非法行医并造成严重后果的，可能面临拘役或有期徒刑的刑事处罚，具体的刑期和罚金数额将根据情节严重程度和造成的后果来确定，对于未取得医师资格而非法执业的人，应依法追究其非法行医罪的法律责任。
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