收到违章短信通知扣2分，但12123上却显示扣三分，可能存在以下情况。
1、短信通知有时可能会因各种原因出现误差，比如系统发送短信时出现延迟、混淆等。
2、不同的违章行为可能会由不同的执法机构处理，某些机构可能将违章情况上报到不同的系统，导致短信通知和12123平台上的信息不一致。
3、也有可能是查询系统出现了短暂的信息更新不及时或错误。
关于具体扣分情况，建议登陆交管12123APP（公安机关交通管理服务平台）查看准确的违章记录，了解详细的扣分和罚款情况，如果对违章记录有异议，也可以携带相关证件到当地交警大队进行查询和核实。
应以交管12123上的信息为准，及时处理违章并记录，避免影响驾驶安全，如果确实存在疑问或问题无法解决，建议寻求专业法律人士的帮助。
