红米手机设置短信加密的方法如下。
1、打开手机设置，找到并点击“应用锁”选项。
2、输入自己设置的锁屏密码或手势密码。
3、在应用锁页面中，找到“短信”选项，并将其右侧的开关按钮打开，即可开启短信加密。
4、也可在短信中单独设置某个联系人的短信加密，进入短信界面，长按需要加密的短信，点击右上方的“加密”图标即可。
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需要注意的是，加密后的短信需要输入设置的密码才能查看和访问，请确保记住自己的密码，避免遗忘导致无法查看重要短信。
