如果您的苹果手机短信全部已读后仍然显示有未读标记，可能有以下几种原因。
1、短信应用缓存或同步问题：尝试重启设备，然后重新打开短信应用查看是否解决了问题。
2、未读短信计数错误：在某些情况下，短信应用可能会错误地计数某些短信为未读，请检查短信列表中是否有任何单个对话中未读的短信。
3、通知设置问题：检查通知中心的设置，确保短信通知已启用并且设置为正确的显示方式，确保您没有误将某个短信对话的提醒关闭。
4、软件问题或系统Bug：软件问题或系统Bug也可能导致短信应用显示异常，您可以尝试升级系统或恢复设备的出厂设置来解决这个问题，但请注意，在尝试恢复设置之前，请确保备份重要数据。
如果以上方法都无法解决问题，建议您联系苹果官方客服或前往附近的苹果专卖店寻求帮助，他们可能会提供更专业的解决方案来帮助您解决短信应用的问题。
