短信没有了还显示有消息，可能是由于以下原因导致的。
1、短信app出现了显示错误或系统紊乱，此时可以尝试重启手机，或者重新设置短信应用的相关设置，如果问题仍然存在，可能需要卸载并重新安装短信应用。
2、手机中存在未读取的短信，即使短信已经被删除，但短信的提示音或震动仍然会被触发，导致提示仍然存在，可以进入短信界面仔细查看，确认是否已经彻底删除了相关短信。
3、手机中存在某些第三方应用或系统进程干扰，有些应用可能会自动推送消息，导致即使短信已经被删除，仍然会显示有消息，可以尝试进入手机的设置，找到应用管理，然后找到可能引发问题的应用并关闭其通知权限。
如果以上方法都不能解决问题，建议联系手机制造商的客服或前往附近的手机维修店寻求帮助。
