恶意注册短信验证码骚扰是违法行为，可以通过以下途径处理。
一、向公安机关报警，短信骚扰属于骚扰他人的违法行为，可以通过向公安机关报警的方式处理，公安机关会予以治安处罚，也可以向当地移动、联通等运营商投诉，要求暂停骚扰短信。
二、向法院起诉，如果骚扰行为严重干扰了正常生活和工作，可以向法院起诉要求对方停止侵权并赔偿损失，如果骚扰行为涉及恐吓等情形，还可能涉嫌寻衅滋事罪等刑事犯罪，也可以向法院起诉要求追究对方的刑事责任。
三、使用拦截软件或工具，市面上有很多拦截软件或工具可以拦截骚扰电话和短信，可以设置拦截关键词和号码等，避免受到骚扰。
面对恶意注册短信验证码骚扰，应该及时采取措施保护自己的合法权益，并向公安机关报案或向法院起诉等方式处理，也可以加强自我保护意识，提高警惕性，避免泄露个人信息和注册不必要的网站等。
仅供参考，如有任何疑问，请咨询法律专业人士或专业机构。
