遇到恶意注册短信时，可以采取以下措施。
1、举报骚扰短信：可以前往相关电信运营商的官方网站或者拨打客服电话进行举报，说明短信内容以及发送方的号码等信息，运营商会采取相应的措施进行处理。
2、过滤短信：使用手机自带的黑名单功能或者第三方短信过滤软件，将发送恶意短信的号码添加到黑名单中，避免接收到类似的短信。
3、保护个人信息：平时要保护好自己的个人信息，避免泄露出去，一些恶意注册的短信可能是通过非法渠道获取了你的个人信息后进行的，如果怀疑自己的个人信息已经泄露，应及时采取措施，如更改密码、冻结账户等。
4、警惕诈骗：一些恶意注册的短信可能是诈骗信息，要注意辨别短信内容的真伪，不要随意点击短信中的链接或者拨打短信中的电话号码，以免上当受骗。
遇到恶意注册短信时，应保持警惕并及时采取措施，避免个人信息泄露和受到不必要的骚扰，如果情况严重，还可以考虑向公安机关报案。
