如果您的 iPhone 上的短信已经被删除，但仍然显示红点，这可能是由于以下几个原因造成的。
1、通知尚未完全同步：有时，即使短信已经被删除，通知可能仍然会显示在屏幕上，您可以尝试在设置中手动刷新通知或重新启动设备来解决问题。
2、短信应用缓存问题：应用程序缓存可能会导致一些异常行为，您可以尝试关闭短信应用程序并重新启动它，或者尝试在设置中清除短信应用程序的缓存和数据。
3、未读短信仍然存在：如果仍有未读的短信留在您的短信应用程序中，即使您已经删除了某些已读短信，红点可能仍然会出现，请检查您的短信应用程序中是否有任何未读的短信。
如果以上方法都无法解决问题，您可以尝试以下步骤来解决这个问题：
1、关闭通知：在设置中找到短信应用程序并关闭通知，然后重新打开通知并刷新应用程序。
2、恢复出厂设置：如果问题仍然存在，您可以考虑恢复出厂设置，这将删除您的所有数据和设置，因此请确保备份您的数据。
这些解决方案可能并不适用于所有情况，如果问题仍然存在，请联系 Apple 支持以获取更多帮助。
