如果苹果手机短信不在桌面显示，你可以尝试以下方法恢复短信应用的显示，而无需恢复出厂设置。
1、检查应用是否被限制在后台运行：进入“设置”-“通用”-“后台应用刷新”，确保短信应用被允许在后台运行。
2、搜索应用：在iPhone的主屏幕上向下滑动，使用Spotlight搜索找到短信应用，然后点击它来恢复显示。
3、重启设备：有时简单的重启可以解决一些临时的问题，按住设备的电源按钮，然后滑动关机，等待几分钟后再重新启动设备。
4、检查应用文件夹：有可能你将短信应用拖入某个文件夹中，可以检查各个文件夹来找到它。
5、重新下载应用：如果以上方法都不奏效，你可以考虑通过App Store重新下载短信应用。
如果你确定需要恢复出厂设置来解决问题，可以按照以下步骤操作，但请注意，这将删除所有数据和设置，所以在操作之前请确保备份所有重要数据：
1、进入“设置”。
2、点击“通用”。
3、滚动到下方选择“重置”。
4、点击“擦除所有内容和设置”。
5、按照屏幕上的提示确认你的选择并等待设备重置完成。
完成重置后，你的iPhone将恢复到出厂状态，这时你可以重新设置手机并恢复备份来恢复数据，如果问题仍然存在，建议联系苹果官方客服寻求进一步的帮助。
