如果拼多多商家手机号码被注册了，建议按照以下步骤处理。
1、确认手机号码的注册情况：确认是该商家的手机号码被注册，而不是其他商家的或个人的手机号码。
2、联系拼多多客服：联系拼多多官方客服，向他们说明情况，并提供相关证明（如商家身份信息等），让他们协助处理。
3、找回或修改账户信息：如果确认是该商家的账户被注册，可以尝试找回账户信息或者修改账户信息，如更换密码、绑定新的手机号等，在此过程中，可能需要提供一些验证信息来证明身份。
4、加强账户安全：为了保证账户安全，建议商家定期更新密码、绑定手机验证码、设置支付密码等，避免使用弱密码和重复使用密码，避免泄露个人信息和账户信息。
如果以上方法无法解决问题，建议寻求法律援助，咨询专业律师的意见，提醒商家注意保护个人信息和账户安全，避免类似问题再次发生。
