苹果手机短信莫名其妙的消失可能有以下几种原因。
1、可能是操作系统出现错误或异常，导致短信被系统误删除，可以尝试重启手机或者恢复系统来解决这个问题。
2、可能是在某些情况下不小心删除了短信，在清理存储空间时，可能会不小心删除一些短信，一些第三方清理软件也可能自动删除短信。
3、可能是与他人共享了Apple ID导致的，如果与他人共享了短信，对方的某些操作可能会导致短信消失，建议检查是否与他人共享了短信功能。
4、手机系统内部存储空间不足也可能导致短信无法保存，可以尝试清理存储空间或升级存储空间来解决这个问题。
5、系统版本过旧也可能导致短信功能出现问题，更新系统版本可能有助于解决这个问题。
针对以上原因，可以尝试以下解决方案：
1、对于系统误删除的问题，可以尝试重启手机或恢复系统。
2、对于误删除的情况，可以检查最近删除文件夹或使用iTunes等工具恢复备份。
3、检查是否与他人共享了短信功能，并取消共享或重新设置共享选项。
4、清理存储空间或升级存储空间以应对存储空间不足的问题。
5、检查系统版本并尝试升级到最新版本以修复可能的短信功能问题。
如果以上方法都无法解决问题，建议联系苹果官方客服寻求帮助，数据恢复可能有限制，并且在进行任何操作之前，请确保备份重要数据以防丢失。
